Zwei autoimmunbedingte Schilddrüsenerkrankungen sind Morbus Basedow und Hashimoto-Thyreoiditis. Bei der Hashimoto-Thyreoiditis sind zell- und gewebeabbauende Reaktionen und eine atrophisch bedingte Unterfunktion der Schilddrüse typisch, beim Morbus Basedow ist die Schilddrüse vergrößert und die Proliferationsrate sowie Hormonsynthese erhöht.
Auslöser für Typ I Diabestes sind Antikörper gegen Insulin – produzierende Pankreaszellen.