Dieser Teil der Mikrobiologie ist der Diagnostik von Würmern wie auch Pilzen gewidmet. Pilze treten als Krankheitserreger oder Produzenten von Toxinen auf, die pathogene Auswirkung auf die Gesundheit der Menschen haben. Die verfügbaren diagnostischen Technologien umfassen real- time PCR, ELISA, Schnelltests sowie Immunfluoreszenztests.