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Isotypkontrollen sind Antikörper ohne spezifisches Ziel. Die ideale Isotypkontrolle sollte von derselben Spezies und demselben Isotyp wie der getestete Antikörper stammen, beispielsweise für Säugetiere IgG, IgD, IgA, IgM oder IgE und Unterklassen (Maus-IgG2a, IgG2b, IgG2c) mit derselben leichten Kette (κ - Kappa oder λ - Lambda bei Säugetieren) und eventuell auch dem gleichen Konjugat.
Isotypkontrollen werden besonders häufig in durchflusszytometrischen Anwendungen benötigt und ermöglichen die Bestimmung der unspezifischen Antikörperbindung. Sie können jedoch auch als Negativkontrollen in einem breiten Anwendungsbereich verwendet werden, einschließlich Immunfluoreszenz-, Immunhistochemie-, Western-Blot- und ELISA-Experimenten.
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