In den letzten Jahren hat die automatisierte Mikroskopie stark an Bedeutung gewonnen. Die optischen Hardware-Komponenten sind bei dieser Art der Mikroskopie bestens aufeinander abgestimmt, sodass der komplette Workflow, wie Bildaufnahme, -bearbeitung und Auswertung von zellulären Informationen, mit nur wenigen Eingriffen des Anwenders über eine Software durchgeführt werden kann.