MaxyGene II ermöglicht eine Protokoll-Optimierung über 6 verschiedene Temperaturzonen mit jeweils 16 Steckplätzen für 0,2 ml Reaktionsgefäße und ersetzt die herkömmliche Gradiententechnologie. Durch die individuelle Temperatursteuerung können in einem Lauf auch 6 unterschiedliche Primer-Paare eingesetzt werden.